La paroisse de Charros, placée sous le patronage de Notre-Dame en sa Nativité, est d'origine ancienne. Déjà, en l'année 965 elle avait été usurpée par les seigneurs laïques sous l'influence de la simonie alors généralisée, et elle fit l'objet d'une restitution à l'abbaye de Montauriol qui sans doute l'avait fondée. Cette restitution ne fut pas définitive, car le bénéfice subit encore des vicissitudes diverses, avant de revenir au monastère, auquel succédèrent plus tard les évêques de Montauban.

L'église devint un prieuré séculier distinct de la cure. Bien que située dans le diocèse de Cahors, ce sont les évêques de Montauban qui nommaient à ce prieuré et présentaient le titulaire de la cure. La paroisse supprimée par le Concordat, et rattachée à Saint-Nauphary, fut rétablie par une ordonnance de Louis-Philippe du 15 février 1843. Elle a eu un curé résidant jusqu"en 1919: l'abbé Courrech alla résider alors à Belmontet.

Cette église, rebâtie en 1655 après les guerres de religion, fut près d'être interdite en 1882 en raison du mauvais état dans lequel elle se trouvait. Aussi la commune de Saint Nauphary décida-elle une reconstruction totale sur les plans de l'architecte Combebiac. La première pierre fut posée le 15 avril 1895 par le chanoine Palach, supérieur du grand séminaire, l'abbé Marciel étant curé de la paroisse.

Le nouvel édifice a été conçu dans le style néo-gothique, avec un clocher carré qui s'amortit par une flèche octogonale.

On distingue parmi le mobilier: un calice en argent du 17ème siècle, un encensoir de la même époque et plusieurs chandeliers en cuivre massif à pied triangulaire.

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Comme celle du Fau, l'église est dédiée à la Nativité de Notre Dame.